バーチャルコンソールゲームギアでは、３ＤＳでゲームギアのゲームを１００％楽しんでいただけるように さまざまな機能を搭載しています。これらの機能はゲーム中、３ＤＳの下画面をタッチすることで呼び出す 「ＶＣメニュー」で使用、変更できます。
「まるごと保存」を使うとプレイ中どんな場合でもゲームの進行状況を保存することができます。保存できるデータは１つのゲームにつき１つだけですが、「まるごと復元」を使えば何度でも同じ場所から再開できます。
プレイで使用するボタン配置を自由に変更することができます。連射ボタン設定や通常は設定されていないＬ・Ｒボタンにもボタン設定が可能です。
このメニュー画面から、画面に関するさまざまな設定を変更できます。
・通常の当時の画面そのままの比率である４：３画面を表示する「ノーマル」、
・当時の画素を拡大せずに３ＤＳ上に表示させた「ドットバイドット」、
・上画面いっぱいにゲーム画面を表示させる「フル」の３種類から選べます。
①で「ドットバイドット」を選択した場合に表示されるゲームギア本体のカラーを４色から変更できます。
「ドットバイドット」設定でない場合は選択できません。
当時のゲームギアの画面描写を再現した「オン」と、普通に表示させる「オフ」から選択できます。通常は「オフ」になっています。
オリジナルのゲームソフトに忠実な「オリジナル」と、一部処理落ちなどが発生していた箇所を可能な限り改善させた「スペシャル」が選べます。通常は「スペシャル」になっています。
ゲームをリセットします。ゲームを最初からやり直したいときなどに使います。
「まるごと保存」などで保存していない内容は失われます。