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基本ルールはいつもの「ぷよぷよ」と同じ。同じ色の「ぷよぷよ」を４つ以上つなげて消していきます。左3列目の一番上まで積んでしまうとゲームオーバーです。
「なぞぷよ」では、さらに「10連鎖すべし」「ぷよすべて消すべし」「14ぷよ同時に消すべし」といった問題が出されます。決められたお題通りに消すことができればステージクリアとなり、新たな問題が出題されます。

このゲームでは、全200問の問題を解くだけでなく、自分で「なぞぷよ」の問題を作ることもできます。問題を作る際には、あらかじめ置いておくぷよのデザインや、出てくる予定ぷよの種類なども細かく設定できます。なお作成した問題は『なぞぷよ2』では30問までセーブ可能になりました。